É necessário ajustar um tipo de nota para cada operação:

1. O cliente da nota deverá ter a "Inscrição Suframa" informada no programa Cadastro de Cliente (CCCDB005);
2. Acesse o programa Cadastro de Tipo de Nota Fiscal (CCFT030) e parametrize os campos:
3. Possui IPI: 0 - Sem IPI-Isentas;
4. Possui ICMS
   - 0 - Sem ICMS-Isentas: quando a operação não possuir itens importados;
   - 1 - Com ICMS: quando possuir itens importados (sem direito ao desconto de ICMS).
5. Tributação ICMS: 40 - Isenta ou 00 - Tributada Integralmente;
6. Natureza Operação: 109. Este campo deve ser preenchido apenas com os três últimos algarismos da nova natureza de operação. O primeiro algarismo depende do Estado do cliente.
7. Desconta ICMS Zona Franca: Sim. Será apresentada a rotina auxiliar ICMS Zona Franca (CCFT030E);
   - No campo Aplica Isenção/Desconto ICMS para Item Nacional, selecione a opção Sim para configurar a aplicação do desconto de ICMS para itens nacionais.
   - No campo Código cBenef Item Nacional informe o benefício específico dessa operação;
8. Situação PIS/Cofins: 0 - Não Incide;
9. Multi Servidor: após o preenchimento deste campo e teclar Enter será apresentado o programa Tipo de Nota Continuação (CCFT030D);
   - Não realizar o preenchimento do campo Código Ajuste ICMS;
10. Salve as informações.

Exemplo 1
Para emitir uma nota com desconto de ICMS e PIS/COFINS, a parametrização do tipo de nota deve estar com os campos configurados da seguinte forma:

Possui ICMS: 0 - Sem ICMS-Isentas;
Situação PIS/Cofins: 0 - Não Incide.

Exemplo 2
No caso em que o desconto deve ser apenas no ICMS e não de PIS/Cofins:

Preencher o campo Mercadoria Com. Industrialização com a opção Não OU
O cliente deve ter IRPJ Lucro Presumido:
Acesse o programa Cadastro de Cliente (CCCDB005);
Clique no botão Manutenção > opção Informações Complementares para apresentar a rotina auxiliar Informações Complementares (CCCDB006);
No campo IRPJ Lucro Presumido, selecione a opção Sim.

Exemplo 3
Caso seja necessário destacar os impostos, mesmo sendo para Zona Franca, basta alterar no tipo de nota para destacar em vez de ser isento. Para isso, acesse o programa Cadastro de Tipo de Nota Fiscal (CCFT030) e configure os campos:

Possui ICMS: 1 - Com ICMS;
Situação PIS/Cofins: 3-Ambos.

Exemplo 4
Após a emissão, em alguns casos, é necessário gerar o arquivo PIN:

1. Acesse o programa Exportação Lote Nota Fiscal Convencional para o PIN (CCFTM300);
2. No campo Tipo Nota, informe os códigos dos tipos de nota utilizados para a Zona Franca;
3. Preencha os demais campos da tela. 
4. Pressione Enter no último campo para exportar o lote e gerar o arquivo PIN no caminho especificado.
5. Acesse o portal do SIMNAC; 
6. Faça o login utilizando o Certificado Digital ou as credenciais da empresa.
7. Envie o arquivo PIN gerado ao SIMNAC e siga as orientações adicionais do fisco.