Recomendamos que não aceite nota fiscal como operação de devolução emitida por outro CNPJ.
Na prática comercial a transferência de bens é permitida entre empresas do mesmo grupo econômico e em operações como cisão e fusão.
A regra geral exige que a nota fiscal de devolução seja emitida pelo mesmo CNPJ que fez a compra. Isso é fundamental para manter a rastreabilidade fiscal e anular corretamente os impostos (como ICMS e IPI) da nota de venda original.
Recomendações:
Antes de aceitar a nota fiscal da matriz é fundamental verificar a legislação do seu estado (Secretaria da Fazenda - Sefaz) para confirmar se essa operação é permitida.

Diante disso, como realizar o lançamento desta nota fiscal de devolução não fiscal no sistema?

Como a empresa que emitiu a nota fiscal de devolução (a matriz) não foi a mesma que efetuou a compra (a filial), a operação não é considerada uma devolução fiscal propriamente dita. Por isso, a nota fiscal deve ser lançada como uma entrada de mercadoria e não como uma devolução.

Para lançar esta nota fiscal, recomendamos o seguinte procedimento:

1. Acesse o programa Nota Fiscal de Entrada (CCESN110);
2. Preencha os campos obrigatórios para o lançamento da nota fiscal;
3. Informe o código da CFOP de entrada genérico (compra), que não seja um CFOP de devolução, na aba Dados (CCESN120TAB1);
   Importante: Ao fazer o lançamento, não referencie a nota fiscal de devolução ou a nota fiscal de venda original nos campos próprios. Recomendamos que essas informações sejam adicionadas no campo de observação.
4. Grave as informações.

Realize o ajuste de Custo do Produto, Contabilidade e Financeiro:

1. Após registrar a nota de entrada, utilize o programa Movimentação de Estoque (CCESA020);
2. Ajuste o custo do produto devolvido nos campos Valor Unitário e Valor Total;
3. Preencha os demais dados, se necessário;
4. Grave as informações.
   Importante 1: É essencial que essa operação seja acompanhada de um ajuste na contabilidade para garantir que os registros contábeis reflitam corretamente o retorno da mercadoria. 
   Importante 2: No setor financeiro, é fundamental conciliar os valores a receber com os valores a pagar, pois foram gerados pelo lançamento da nota de entrada. Para isso, recomendamos o uso de uma conta transitória ou o caixa da empresa.