Nas abas Alíquota dos Insumos (CCPMSP001TAB3) e Insumos Complementares (CCPMSP001TAB4), o percentual de Markup complementa o custo de um bem ou serviço do respectivo preço de venda, para que o preço do produto fique de acordo já considerando o custo de produção e distribuição.
O percentual informado é de acordo com a visão do cliente.

Por exemplo: o ICMS é tributado na operação de saída de industrialização. Para isso, deve-se aplicar o cálculo por dentro para chegar a base de cálculo do preço na aplicação do cálculo do valor do ICMS da operação.